100万商铺买卖的税费计算需遵循税法规定。依据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1，销售无形资产（含土地使用权）需缴纳增值税；《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第三条明确，土地增值税按转让房地产增值额和适用税率征收。若商铺为卖方购入后转让，其增值税和土地增值税需结合购入成本、持有年限及增值额计算；买方则需依法缴纳契税。若交易价格明显偏低，税务机关有权核定应纳税额。因此，具体税费需综合交易双方身份、结构及历史成本等因素判定。
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100万商铺买卖可能面临两类法律风险：一是税务机关核定应纳税额风险，例如双方约定成交价100万，但税务机关认定价格偏低，按120万核定税额，导致卖方税负增加；二是滞纳金与罚款风险，若未依规申报纳税，税务机关将追缴税款、加收滞纳金，情节严重还可能面临行政处罚。以上风险在交易中较常见，建议交易前咨询我为您解答，确保合规申报，避免纠纷。
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100万商铺买卖中，税费处理受以下特殊情况影响：一是交易价格明显偏低，若税务机关认定无正当理由低于市场价，有权核定应纳税额，导致实际税费高于预期；二是符合税收优惠政策，如卖方长期持有商铺或商铺位于特定区域，可能享受土地增值税减免，大幅降低税负；三是涉及公司股权交易，通过转让公司股权实现商铺转让，虽可能不直接缴纳土地增值税，但需关注企业所得税、印花税等其他税种。上述情形会直接影响税费种类与金额，建议交易前充分评估，确保合法合规。
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100万商铺买卖中常见错误操作有：一是签订“阴阳合同”低估价格避税，一旦被税务机关查实，可能面临补税、罚款甚至刑事责任；二是卖方忽视保留原始购入成本发票，导致土地增值税扣除成本不准确，增加税负；三是买方误以为仅需支付契税，忽略印花税或登记费等其他税费，影响过户进度。为避免这些问题，建议交易前全面了解税费规定，并在我的指导下规范操作。

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